Kirkon keskusrahasto saa pääosan tuloistaan seurakunnilta seurakuntamaksuina. Keskusrahaston tulot määräytyvät kaksi vuotta aikaisempien verotulojen mukaan (vuoden 2017 keskusrahastomaksutulot perustuvat vuoden 2015 verotuloihin). Näin ollen seurakuntien verotuloissa mahdollisesti tapahtuvat muutokset vaikuttavat automaattisesti keskusrahaston tuloihin kahden vuoden viiveellä.
Kirkolliskokous alensi toukokuussa 2015 seurakuntamaksuprosentin 8,2 %:sta 7,5 %:iin. Tämä oli mahdollista, koska valtion myöntämää rahoitusta yhteiskunnallisiin tehtäviin voidaan käyttää myös Kirkon keskusrahaston rahoittaman jäsentietojärjestelmän ylläpitoon ja kehittämiseen sekä kulttuurihistoriallisesti merkittävien rakennusten kunnossapitoon.
Suunnitelmakaudella perusmaksuprosentti voidaan säilyttää nykytasolla, ellei keskusrahaston rahoitettavaksi siirry joitain uusia laajoja tehtäväalueita.
Seurakuntamaksujen lisäksi keskusrahasto saa tuloja sijoitustoiminnastaan. Tuottojen perustason on arvioitu olevan vuositasolla n. 1,6 milj. euroa. Kuten eläkerahastossakin, myös täällä käytetään varainhoitajien palveluja ja noudatetaan vastuullisen sijoittamisen periaatteita.
Suunnitelmakaudella tilikauden tulos on 0,3–0,4 milj. euroa alijäämäinen. Alijäämä johtuu strategisten hankkeiden rahoitusmallista.
Kirkon keskusrahaston rahavarat vähenevät vuonna 2017 n. 600 000 euroa, tämän jälkeen rahavarat kasvavat arviolta n. 500 000–600 000 euroa vuodessa. Suunnitelmakauden lopussa (31.12.2019) rahavarat ovat rahoituslaskelman mukaan n. 36,6 milj. euroa.