Kansliapäällikkö johtaa Kirkkohallituksen viraston toimintaa ja henkilöstöhallintoa. Hän vastaa kirkkohallituksen yhteyksistä viranomaisiin ja muuhun yhteiskuntaan. Keskeisimpiä yhteistyökumppaneita yhteiskuntasuhteiden näkökulmasta ovat ministeriöt, virastot ja kansalaisjärjestöt. Kansliapäällikön toimistossa hoidetaan myös muutamia kirkkohallituksen erityistehtäviä, kuten EU-toiminta ja yhteiskunnan vaikuttajille suunnatun Arvojen Akatemian järjestäminen. Kansliapäällikön toimisto tukee kansliapäällikköä näissä tehtävissä.”
Kansliapäällikön toimistossa työskentelee kahdeksan henkilöä: Kansliapäällikkö, kansliapäällikön erityisavustaja, EU-lakimies, koordinaattori (julkaisut, messutoiminta, Arvojen Akatemia) ja toimistosihteeri. Kansliapäällikön toimistoon kuuluvassa Kirkkohallituksen HR-yksikössä työskentelevät henkilöstöpäällikkö, henkilöstösihteeri ja toimistosihteeri. Vuoden 2016 aikana on kokeiltu toimistosihteerin työpanoksen jakamista kahden yksikön kesken (KCSA). Jatkossa on tarkoitus jakaa toimistosihteerin työpanos Piispainkokouksen kanslian kanssa ja vähentää näin 0,5 henkilötyövuotta.
